最终幻想13由伟大的存在——「水晶」所生出的机械和生物，保护着漂浮在天空中的巨大的「茧」。在其与外世界隔绝的内部，在被称作圣府机关的管理和高度的文明下，形成了一个能被认为是乌托邦的和平世界。这个与世隔绝的世界在数千年的时间里，和居住于内的人们来说是威胁的外界，保持着一种微妙的平衡。直到有一天，茧被只存在于外部世界的外界异物入侵了，圣府即刻对其展开了攻击。但是这时，人们已经开始对这种外界异物产生了恐惧。这种恐惧渐渐变成了对别人的猜忌、憎恨，带给了自诩和平的茧不良影响。为了茧内的安定，圣府终于决定采取非常措施：把那些受到外界异物影响的人们强制发配到下界。故事从茧被入侵开始。