极限逃脱之神隐高校是一款剧情推理解谜游戏，在旧历120年，世界末日来临，人类寻找到最后的净土，建立了集中城。此后人群分为两派——利己主义者与平等主义者，共存期间冲突频繁。终于，在9年之后，集中城秩序彻底崩溃，利己主义者迅速建立地上城，与平等主义者彻底决裂，集中城战役彻底爆发……

历经11年战争，利己主义者取得集中城战役胜利，全体移居地上城，留下地下城和平等派苟延残喘。

“你”作为一个坚定的平等派，在目睹了地下城人民的悲苦后决心去往地上城，立志掀翻利己主义的棋盘。于是“你”在引路人的帮助下参加了“基地游戏”——唯一能从地下城到地上城的途径。

而故事，便在你成为“基地游戏”中第一名女性胜利者去往地上城途中悄然开始……