《神奇大乱斗》改编自日本人气动漫精灵宝可梦，原汁原味真实还原了主人公立志成为神奇宝贝大师，和小精灵一起踏上神奇冒险旅途。一路上，主人公邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次战斗。通过一次又一次的难关，不断成长，成为小精灵大师---勇敢的小指和可爱的皮卡丘不断被模仿，而这一次，我们选择超越经典！在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉勉强强又喜怒无常又不喜欢进入宠物精灵球的皮卡丘，小智离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加宠物精灵联盟。在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同之处是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，则改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥则以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与宠物精灵一同奋斗。